Indonesia merupakan negara kepulauan dengan susunan geografis yang berbeda-beda dengan jumlah penduduk yang banyak. Hal ini dipengaruhi juga dengan perubahan iklim yang menyebabkan banyak terjadinya bencana, baik di Indonesia dan dunia. Indonesia merupakan negeri yang memiliki potensi dan kerentanan terhadap bencana, maka Indonesia memerlukan dokter siap siaga bencana. Selain itu, rumah sakit Indonesia juga masih kekurangan dokter umum dan ketersediaan dokter spesialis masih terbatas serta persebarannya tidak merata. Peran dokter yang bertugas pada fasilitas kesehatan layanan primer dirasa penting untuk ikut andil dalam kondisi tersebut sebagai dokter siap siaga bencana. Program Studi Pendidikan Kedokteran Universitas Ahmad Dahlan didirikan berdasarkan SK Menristek DIKTI RI No. 720/KPT/I/2017, tertanggal 13 Desember 2017 Tentang ijin pembukaan program studi pendidikan kedokteran program sarjana dan pendidikan profesi dokter program profesi. Program Studi Pendidikan Kedokteran UAD menjawab permasalahan tersebut dengan menjadikan lulusannya unggul dalam mitigasi bencana dan penanganan bencana dari sisi medis.

          Fakultas Kedokteran menempati gedung Fakultas Kedokteran di kampus IV, Jl. Ahmad Yani, Tamanan, Banguntapan, Bantul. Peletakan batu pertama gedung Fakultas Kedokteran diresmikan oleh Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi (Menristekdikti) Prof. H. Mohamad Nasir, Ph.D.,Ak pada tanggal 22 Maret 2018.

          Fakultas Kedoktean dipimpin oleh Prof. Dr. dr. Rusdi Lamsudin, Sp.S (K), M.Med, Sc, wakil dekan dr. Agus Sukaca, M.Kes, kepala program studi pendidikan kedokteran dr. M. Junaidy Heriyanto, Sp.B FINACS, dan kepala program studi pendidikan profesi dokter dr. Barkah DP, Sp.PD.

          UAD merupakan pengembangan dari Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Muhammadiyah Yogyakarta. IKIP Muhammadiyah Yogyakarta sebagai lembaga pendidikan tinggi merupakan pengembangan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Muhammadiyah Cabang Jakarta di Yogyakarta yang didirikan pada 18 November 1960. FKIP Muhammadiyah merupakan kelanjutan kursus B1 Muhammadiyah di Yogyakarta yang didirikan pada tahun 1957. Pada waktu itu kursus B1 memiliki jurusan Ilmu Mendidik, Civic Hukum, dan Ekonomi. pada tanggal 19 Desember 1994 dengan Surat Keputusan (SK) Menteri Pendidikan dan kebudayaan Republik Indonesia nomor 102/D/0/1994 ditetapkan bahwa IKIP Muhammadiyah Yogyakarta beralih fungsi menjadi Universitas Ahmad Dahlan.